La Fauna dell'Isola d'Elba presenta forti analogie con il continente, più di ogni altra isola dell'Arcipelago Toscano anche se appartenendo al sistema Sardo-Corso (costituito dalla Corsica, Sardegna e alle Isole dell'Arcipelago Toscano), annovera specie tipicamente tirreniche ed una assenza di specie alpine presenti invece, sul continente italiano.

L'aviofauna è sicuramente quella che conta il più alto numero di specie; all'Isola d'Elba possono essere osservati tutti gli uccelli italiani nel corso del passo autunnale e primaverile. Tra i predatori diurni si possono citare il gheppio(Falco tinnunculus), stazionario e frequente nella stagione calda, il falco della regina(Falco eleonorae), il falco mediterraneo(Falco peregrinus) e il falco grillaio(Falco naumanni), appartenenti alla famiglia dei Falconidi; il falcone pecchiaiolo(Pernis a. apivorus) e la poiana(Buteo buteo), appartenente alla famiglia degli Accipidriti. Tra i predatori con abitudini notturne ricordiamo la civetta(Athene noctua), il gufo comune(Asio otus) ed il barbagianni(Tyto alba). Tra gli uccelli che nidificano sull'Isola, ci sono il corvo imperiale(Corvus corax), il grande spazzino ed il picchio muraiolo(Tichodroma muraria). Nella gariga e negli ambienti di steppa è possibile incontrare la pernice rossa(Alectoris rufa), uno dei pochi ceppi in Italia che si possono considerare autoctoni. Nella vegetazione mediterranea trovano rifugio numerosi uccelli, appartenenti ai passeriformi, sia durante il periodo riproduttivo che nei periodi di passo. Le specie più interessanti sono i silvidi tra cui la magnanina(Sylvia undata), la sterpazzola(Sylvia communis), la sterpazzola di Sardegna(Sylvia conspicillata) la sterpazzolina(Sylvia cantillans) e l'occhiocotto(Sylvia melanocephala). Tra i passeriformi più comuni e che permettono facili avvistamenti ci sono il pettirosso(Erithacus rubecula), la cinciallegra(Parus maior) e il cardellino(Carduelis carduelis).