Con la sua superficie di 1930 ha e lo sviluppo costiero di 27 km è la terza isola dell’Arcipelago Toscano, dopo Elba e Giglio.
Dista circa 64 km da Livorno, 42 km dall'Elba, 37 km da Gorgona e 31 km da Capo Corso, (43°2’35’’ lat. Nord-9°50’45’’ long. Est).
Di forma ellittica, lunga 8 km e larga 4 km.

E’ montuosa con un altitudine massima di 445 m (Monte Castello). Le coste occidentali sono scoscese e dirupanti, mentre quelle orientali e meridionali piu’ dolci e declivi. A 318 m, a ponente, si apre un piccolo laghetto alimentato dalle piogge e che rappresenta l’unico stagno naturale dell’arcipelago.

Il profilo costiero e’ di circa 27 km, 98% dei quali dominati da scogliere vergini, intercalate da piccole cale. A nord sono le cale piu’ ampie, come Cala del Porto, Porto Vecchio e La Mortola, quest’ultima ampia baia sabbiosa e che solo in condizioni favorevoli di vento e mare, accumula una piccola spiaggetta, l’unica di tutta l’isola.

Il Paese e il Porto sono i due centri abitati che accolgono i circa 350 abitanti residenti (fino a 3000 nel picco turistico), collegati dall’unica strada carrozzabile.

-I traghetti della compagnia To.Re.Mar effettuano corse giornaliere partendo dal Porto Mediceo di Livorno. Il tragitto dura due ore e mezzo circa. Se decidete di lasciare la vostra auto a Livorno l’Agenzia Parco ha una convenzione con un parcheggio custodito nelle immediate vicinanze dell’imbarco. Arrivati a Capraia troverete l’autobus di linea o subito davanti al traghetto o a 200 mt c.a. lungo la banchina del Porto.

-Divieto di pesca, navigazione, ancoraggio e immersione in Zona 1 tra Punta della Manza e punta del Trattoio.

Pesca professionale riservata ai soli residenti in Zona 2.
Pesca sportiva regolamentata dall’Ente Parco in Zona 2.

Durante il periodo di nidificazione del Gabbiano Corso, dal 1° maggio al 30 giugno,  sono interdetti l’accesso e la navigazione sottocosta nella zona meridionale dell’isola (Piana dello Zenobito, costa tra Punta delle Linguelle, Punta dello Zenobito, Scoglio del Gatto, Le Saline) 

Circa 50.000 anni fa l'isola di Capraia, come le altre isole dell'Arcipelago Toscano, era unita al continente fino a quando lo scioglimento dei ghiacci elevò il livello del mare. I greci nei loro traffici marittimi furono i primi a frequentarla e le attribuirono il nome di Aegylon ((in verita’ Aegylon megas per differenziarla dal Giglio –Aegylon micron) “terra da/di Capre”.

 Il nome “Capraia” puo’ derivare dalla traduzione latinizzata del nome greco ad opera dei Romani oppure sempre dalla latinizzazione di una antica radice etrusca dove la parola “Kapra” significa pietra, “luogo pietroso” dunque).

Fenici, Etruschi e Romani vi apparvero nelle epoche successive creando i primi insediamenti umani. Reperti storici di questi insediamenti sono raccolti nella Torre del porto di Capraia. Entrò a far parte dell'Impero Romano nel 174 a.C., quando Serrano attilio assoggetto la Corsica a Roma.

Ma per diversi anni ancora Capraia, insieme a tutto l'Arcipelago Toscano, non offrì un porto sicuro alla flotta romana e i veri padroni furoni i pirati. Tutto questo fino al 67 a.C., anno in cui Gneo Pompeo vinse la battaglia contro i pirati e tutto l'Arcipelago Toscano divenne romano. Da allora diventò un'importante tappa nelle vie di comunicazioni commerciali e militari: case e villaggi, infatti, nacquero nella zona dell'attuale porto, mentre sulle porzioni più interne dell'isola, stazioni militari e commerciali. L'approdo all'isola era situato nella baia che oggi si chiama "porto Vecchio".

I Romani si stabilirino presso "Il Piano", dove oggi si erge il paese. Sembra che furono proprio i Romani a dare all'isola il nome di Capraia, per la presenza sull'isola di una grande quantità di capre selvatiche. C'è invece chi afferma che questo nome sia stato dato dagli Etruschi; in lingua etrusca infatti il termine "Capre" significa pietra, ad indicare l'aspetto particolarmente roccioso dell'isola. Dopo la caduta dell'impero romano l'isola si spopolò, soprattutto a causa delle incursioni piratesche, divenendo così, nei primi secoli del cristianesimo terra d'elezione di eremiti ed anacoreti.

Furono proprio gli anacoreti a portare da Roma la vite. Si iniziò quindi a coltivare la vite; l'uva era raccolta e gettata nei "palmenti", recipienti scavati nella roccia, di cui si trovano tracce al Piano, al Reganico e lungo il sentiero che dal paese conduce al Piano. Il vino prodotto, che in seguito fu chiamato Palmaziano o Palmazio è stato prodotto fino a qualche decennio fa, e magari si comincierà a produrlo di nuovo visto che prorprio l'area del Piano è stata bonificata e sono state piantate nuovamente le viti. Sempre nella zona del Piano fu costruita, nel '400 la prima chiesa, dedicata a S. Stefano. Fu conquistata dai Saraceni, dai Pisani e dai Genovesi. Tra l'undicesimo e il sedicesimo secolo fu costruito, a picco sul mare, il Forte di San Giorgio in due fasi, un primo nucleo dai Pisani e il completamento dai Genovesi.

Tra l'undicesimo e il tredicesimo secolo fu costruita la chiesa dell'Assunta nella zona dell'attuale porto e nel sedicesimo secolo furono costruiti la torre del porto, la torretta del Bagno, la torre dello Zenobito, la torre della Regina. Nel 1662 fu costruito il Convento dei Francescani (S. Antonio), presso la punta del Fanale. Nel diciassettesimo secolo furono costruiti i muri a secco per recingere i terreni da utilizzare per la coltivazione e per il pascolo: quelli del Piano, in particolare, sono stati realizzati con i resti della demolizione dei ruderi del vecchio centro abitato e probabilmente anche delle vecchie edificazioni romane. Nel 1873, un terzo della superficie dell'isola fu utilizzata come colonia penale agricola e preclusa ai suoi abitanti. La colonia è stata chiusa nel settembre del 1986 liberando così l'intera superficie.

Capraia è di origine vulcanica, formata da rocce magmatiche di due vulcani, oggi sprofondati nel mare. L'isola  nasce dal mare 7/8 milioni di anni fa, i resti di quelle eruzioni sono ancora visibili a Cala Rossa.